哲仁王后最後變回男的了。《哲仁王后》的大結局中，哲宗終於剷除了朝中的各方邪惡勢力，將太皇太后永遠地監禁起來。此時的哲宗雖然與王后雙宿雙飛，攜手共同重振朝綱，但他懷抱中的女人已經不是真正深愛的人，因為哲仁王后的靈魂已經穿越回到了現代。
在最後的大結局中，女主為了救男主的性命不惜付出自己的性命，男主因為穿了防彈衣，只是暫時昏迷，並沒有受到嚴重的傷害。但是女主卻陷入了長期的昏迷中，幸好經過太醫的努力，女主終於清醒過來。脱離危險後的女主讓男主欣喜不已，二人相擁而泣。朝中的一切紛亂都已經過去了，男主將發動政治動亂的太皇太后等人囚禁起來。
但此時的女主身體中的靈魂已經穿越到了現代，男主雖然在表面上和女主團聚在一起，但事實上他深愛的女人已經失去了原有的靈魂。女主的靈魂其實是一個現代人，她是在一次落水的時候穿越到了古代，並且成為了哲仁王后。
在哲宗遇到危險的時候，女主的靈魂其實已經回到了現代，但是她為了救哲宗，又返回了古代。在女主的幫助下，哲宗平定了動亂，讓天下百姓重新過上了安居樂業的生活，哲宗與王后也幸福的生活在一起。在一切塵埃落定之後，女主就放心地離開了，重新回到了現代，她又變成了一個男人。
