哲仁王后最后变回男的了。《哲仁王后》的大结局中，哲宗终于铲除了朝中的各方邪恶势力，将太皇太后永远地监禁起来。此时的哲宗虽然与王后双宿双飞，携手共同重振朝纲，但他怀抱中的女人已经不是真正深爱的人，因为哲仁王后的灵魂已经穿越回到了现代。
在最后的大结局中，女主为了救男主的性命不惜付出自己的性命，男主因为穿了防弹衣，只是暂时昏迷，并没有受到严重的伤害。但是女主却陷入了长期的昏迷中，幸好经过太医的努力，女主终于清醒过来。脱离危险后的女主让男主欣喜不已，二人相拥而泣。朝中的一切纷乱都已经过去了，男主将发动政治动乱的太皇太后等人囚禁起来。
但此时的女主身体中的灵魂已经穿越到了现代，男主虽然在表面上和女主团聚在一起，但事实上他深爱的女人已经失去了原有的灵魂。女主的灵魂其实是一个现代人，她是在一次落水的时候穿越到了古代，并且成为了哲仁王后。
在哲宗遇到危险的时候，女主的灵魂其实已经回到了现代，但是她为了救哲宗，又返回了古代。在女主的帮助下，哲宗平定了动乱，让天下百姓重新过上了安居乐业的生活，哲宗与王后也幸福的生活在一起。在一切尘埃落定之后，女主就放心地离开了，重新回到了现代，她又变成了一个男人。
