《终极笔记》考古队来巴乃是为了寻找终极秘密。原著小说中就一直把青铜门背后的秘密称为终极秘密，但是小哥张起灵从青铜门走出后并没有找到真正的答案。因为张起灵每隔一段时间就会失忆，所以他就穿梭于各个古墓中寻找答案。陈文锦带领的考古队之所以来到巴乃这个地方，也是为了寻找终极秘密。
张起灵的身世非常特别，三叔在调查他的时候偶然发现一张照片，这张照片所在的地方就是巴乃村。吴邪觉得这个地方与张起灵的身世有关，所以就叫上王胖子和王盟一起来到了巴乃村。吴邪来到村里后，无意中发现墙上的照片里竟然有陈文锦的影子。
通过阿贵叔的回忆得知当年陈文锦带领着考古队也来到了巴乃，当初小山村来了一个考察队是一件非常轰动的事情，所以小山村的村民对他们都充满了好奇心。阿贵说当时的考古队其实并没有什么异常的行为，但是带队的这个陈文锦却非常奇怪。
陈文锦要求向导每隔三天给他们送一次食物和其他用品。向导有一次因为别的事情早去了一天，却发现整个山里都空荡荡的，没有一个人。但是让他没想到的是，第二天所有的人就全回来了。其实在这个小山村里，考古队中的两派人员曾经发生了伤亡事件，而且张起灵也在其中发挥了作用，而所有事情的发生，最终都是因为想要揭开终极秘密。
